【ユミアのアトリエ】ダウンロード版のゲームに、パッケージ版のDLCや特典を適用できるか

はい。DLC（特典を含む）はパッケージ版とダウンロード版で共通ですので、パッケージ版のDLCをお持ちの場合、ダウンロード版に適用して使えます。
ダウンロード版に付属するDLCを、パッケージ版のゲーム本編で利用することもできます。