【零 ～月蝕の仮面～ /Switch・PS4】「Digital Deluxe Upgrade」をパッケージ版に適用できるか

はい、可能です。
ダウンロード購入した「Digital Deluxe Upgrade」の同梱内容は、すべてパッケージ版のゲーム本編に適用し、利用することができます。

※「Digital Deluxe Upgrade」に、ゲーム本編は含まれません。
※ゲーム本編と「Digital Deluxe Upgrade」の内容がセットになった「Digital Deluxe Edition」もありますので、重複購入にご注意ください。