【マリーのアトリエ Remake /PS5・PS4・Switch】「Digital Deluxe Upgrade」をパッケージ版に適用できるか

はい、可能です。
ダウンロード購入した「Digital Deluxe Upgrade」の同梱内容は、同じ機種のパッケージ版ゲーム本編に適用し、利用することができます。

※「Digital Deluxe Upgrade」に、ゲーム本編は含まれません。
※ゲーム本編と「Digital Deluxe Upgrade」の内容がセットになった「Digital Deluxe Edition」もありますので、重複購入にご注意ください。